ブラウザチェックはヘビロテの外で

こういうコードではなく、

/** 不透明度の設定
 *
 * @param element elm       要素を指定します。
 * @param number  opacity   0.0 〜 1.0の数字を指定します。
 * @return element          要素を返します。
 */
  setOpacity: function(elm, opacity) {
    if (typeof elm.style.opacity !== "undefined") {
      elm.style.opacity = opacity;
    } else if (typeof elm.filters !== "undefined") {
      if (elm.filters.alpha) {
        elm.filters.alpha.opacity = opacity * 100;
      } else {
        elm.style.filter += " alpha(opacity=" + (opacity * 100) + ")";
      }
    }
    return elm;
  }

業界非標準なIEシリーズが投下され続ける(困った)現状では、こういうコードが望ましいのではないかと、

/** 不透明度の設定
 *
 * @param element elm       要素を指定します。
 * @param number  opacity   0.0 〜 1.0の数字を指定します。
 * @return element          要素を返します。
 */
uu.setOpacity = function(elm, opacity) {
  return elm;
}
// browser override
if (typeof document.body.style.opacity !== "undefined") { // for Firefox, Opera, Safari
  uu.setOpacity = function(elm, opacity) {
    elm.style.opacity = opacity;
    return elm;
  }
} else if (typeof document.body.filters !== "undefined") { // for IE
  uu.setOpacity = function(elm, opacity) {
    if (elm.filters.alpha) {
      elm.filters.alpha.opacity = opacity * 100;
    } else {
      elm.style.filter += " alpha(opacity=" + (opacity * 100) + ")";
    }
    return elm;
  }
}

ブラウザの違いを実行中に判断せずに、標準/非標準なブラウザで別のコードを用意しておいて、その中のひとつを使いましょう(BrowserでメソッドをOverrideしましょう)と。
といっても全部これ式だと不経済なんで、ループ実行される所はこういうチューンもアリでしょ? と。

ライブラリ的なコードは、1行1行がフラットな仕事量を受け持っているのではなく、圧縮された(濃ゆい)状態の部分が必ずあるので、最適化しちゃおうと。